El ISACC está conformado por
Una Junta Directiva compuesta por cinco representantes a quienes se les nombra en las Asambleas Generales Ordinarias para el período que establece el Estatuto.
Una Asamblea General compuesta por 17 organizaciones sindicales nacionales representadas por una delegada y un delegado debidamente acreditados.
Esas organizacones sindicales nacionales conforman una asamblea política que le pide al ISACC los temas en los que necesitan ayuda. Luego el ISACC define estrategias de intervención y las pone en marcha con las Secretarías de Educación, en un principio, o las Secretarías de Género y Salud Laboral, dependiendo del área en la que soliciten el apoyo del Instituto.
Una Oficina Técnica Con sede actual en Managua. Tiene una Dirección Ejecutiva y personal de acuerdo a sus posibilidades de desarrollo de proyectos y disponibilidad de recursos.